Пункт один обвинительного заключения вменял обвиняемым совершение преступлений против мира путём участия в войнах и вторжениях агрессивного характера и нарушении международных договоров, соглашений и заверений. По пункту четыре обвиняемым вменялось участие в формулировании и осуществлении общего плана и заговора по совершению преступлений против мира. Пункт два в основном касался военнопленных, указывая, что военные преступления и преступления против человечности совершались путём убийства и плохого обращения с военнопленными, включая убийства совершённые при исполнении так называемых приказов «коммандос» и «лётчиков-террористов». По пункту три обвиняемым вменялись преступления включающие действия германской армии в оккупированных странах, включая казни тысяч заложников, убийство партизан и убийство гражданских лиц по подозрению при исполнении «приказа о компетенции в Барбароссе», разграблении и вывозе имущества не оправданном военной необходимостью, принуждении гражданских лиц к рабскому труду, преследовании и уничтожении «расово» или «политически низших» людей при исполнении приказа «о комиссарах» и иных приказов. Подсудимый Бласковиц совершил самоубийство утром 5 февраля 1948 в день вступительной речи обвинения, в связи с чем перед судом предстали 13 подсудимых. Трибунал не признал никого из подсудимых виновными в преступлениях против мира. Выводы о виновности были в отношении 11 подсудимых по обвинениям в военных преступлениях и преступлениях против человечности по пунктам два и три обвинительного заключения.

Дело Высшего командования рассматривалось во дворце правосудия в Нюрнберге военным трибуналом Va. Трибунал заседал 233 раза, и процесс длился приблизительно 10 месяцев.