Утром 1 марта карательный отряд окружил деревню и принялся истреблять мирное население. Под предлогом проверки документов людей сгоняли в клубы, школы и церкви, после чего партиями по 50–100 человек расстреливали, невзирая на пол и возраст. 2 марта забитые трупами дома начали поджигать, но убийства продолжались. Каратели прочёсывали деревню, хватали людей и живьём бросали в горящие избы. К концу дня 2 марта Корюковка почти полностью сгорела.

Уцелевшие корюковчане спрятались или бежали в лес. Часть из них, в основном пожилые люди, через несколько дней вернулись. Но 9 марта каратели снова появились. Старых выгнали из домов, завели в сарай, облили керосином и сожгли. Людей затолкали на заводе в печь для обжига кирпича и подожгли. Как показало расследование и экспертизы областной комиссии по расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков в Корюковке, за два дня оккупанты и их помощники-полицаи зверски уничтожили по меньшей мере 6700 человек, причём 5612 тел остались неопознанными.

Судмедэксперты установили, что смерть была причинена «путём расстрела из автомата, расстрела из станкового пулемёта, физического насилия тупым оружием с раздроблением костей черепа и позвоночного столба в шейной области, сжиганием живых людей». Из 1300 зданий уцелело десять.

Согласно официальным данным, в начале 1943 года соединение первого секретаря Черниговского обкома КП(б)У, Героя Советского Союза А. Фёдорова насчитывало 12 отрядов общей численностью 5,5 тысяч бойцов, большинство из них базировалась неподалёку от Корюковки, в соседних сёлах.