Уже в ночь с 1 на 2 августа 1944 года подразделения СС, полиции и Вермахта совершили на Мокотуве ряд военных преступлений. Взятых в плен повстанцев расстреливали, раненых — добивали. Немцы не обращали при этом внимания на тот факт, что бойцы АК вели борьбу открыто и имели предусмотренные законом знаки различия, то есть в соответствии с Гаагской конвенцией на них распространялись законы о гуманном обращении с военнопленными. Убили, помимо прочего, всех польских солдат, захваченных во время нападения на немецкие опорные пункты на ул. Раковецкой и несколько десятков пленных из батальона АК «Карпаты», который атаковал ипподром на Служевце. Немцы расстреляли также не менее 19 раненых и взятых в плен бойцов батальона АК «Ольза», разбитого во время атаки на форт М. Часть погибших была похоронена заживо, что подтвердили результаты эксгумации, проведенной в 1945 году.

Этой же ночью произошли первые убийства гражданского населения Мокотува. Отразив польскую атаку, солдаты Люфтваффе из состава комендатуры аэродрома Варшава-Окенце (Fliegerhorst-Kommandantur Warschau-Okecie) увели около 500 мирных жителей на территорию Форта М. При этом некоторых жителей казнили. Убили многих жителей улиц Бахмацкой, Бабошевской и Сиринской. В доме № 97 по улице Рацлавицкой немцы завели около четырнадцати жителей в подвал и там убили их гранатами. Казни военнопленных и гражданского населения были осуществлены по приказу командира гарнизона Окенце генерала Дёрфлера.

Узнав о начале восстания, Гитлер отдал рейхсфюреру СС Гиммлеру и начальнику ОКХ генералу Гудериану устный приказ сравнять Варшаву с землей и уничтожить всех её жителей. По словам обергруппенфюрера Эриха фон дем Баха-Зелевского, назначенного командовать подавлением восстания, приказ звучал примерно следующим образом: «Каждого жителя нужно убить, нельзя брать никаких пленных. Варшаву нужно сравнять с землей и, таким образом, создать устрашающий пример для всей Европы». Приказ Гитлера о разрушении Варшавы получили также все командиры немецкого гарнизона в Варшаве. Руководитель СС и полиции (SS — und Polizeiführer) по варшавскому округу оберфюрер СС Гайбель свидетельствовал после войны, что уже вечером 1 августа Гиммлер приказал ему по телефону: «Пусть господь уничтожит десятки тысяч». В свою очередь, командующий гарнизоном Варшавы генерал Штаэль 2 августа отдал подчиняющимся ему войскам вермахта приказ убивать всех мужчин, которых можно считать реальными или потенциальными повстанцами и брать заложников из числа мирного населения, включая женщин и детей.

В Мокотуве находились в это время довольно значительные немецкие силы, в том числе 3-й запасной батальон панцергренадеров СС в казармах на ул. Раковецкой (SS-Stauferkaserne), батареи зенитной артиллерии на Поле Мокотувском, пехотные подразделения Люфтваффе в Форте Мокотув и казармах зенитной артиллерии на ул. Пулавской (Flakkaserne), подразделение жандармерии в здании повятовой комендатуры на ул. Дворковой. Несмотря на это, реализация карательного приказа Гитлера на Мокотуве не принесла столь трагических результатов, как на Воле, Охоте или в Южном Средместье. Район считался второстепенным, поэтому в течение длительного времени немцы больше не проводили там наступательных действий. Немецкие отряды здесь вели себя пассивно по отношению к боевикам, но в то же время массово убивали польское гражданское население, находящееся в зоне их действия. Имели место грабежи, поджоги домов и изнасилования женщин. Оставшиеся жители были изгнаны из домов и отправлены во временный лагерь в Прушкове, откуда многих людей отправили в концентрационные лагеря или вывезли на принудительные работы на территорию рейха.