Через два месяца после обнаружения могилы было принято решение о частичном перезахоронении останков детей. В 1944 году на месте перезахоронения в сквере им. Пушкина был поставлен кирпичный оштукатуренный памятник в виде плиты с символичным огнем, окруженной оградой. В нише памятника была установлена статуя пионера. В 1963 году, по одной из версий, останки из городского сада были перенесены на городское кладбище, где в 1980 году установили памятник. С 2012 года на кладбище проводится ежегодная акция «Свеча памяти», в которой участвует общественность г. Ейск. В 2018 году история убийства детей из Ейского детского дома стала одним из сюжетов передвижной выставки «Помни о нас...» В октябре 2019 года выставка была показана в Ейске, где также состоялась научно-практическая конференция и презентация каталога выставки. В 2021 году этот сюжет стал частью документального фильма — видеоэкскурсии «Помни о нас...»
После освобождения Ейска от оккупации массовое убийство детей расследовалось. Были собраны свидетельства экспертов, показания свидетелей. 15 апреля 1943 года комиссией в составе двух врачей и офицера была произведена экспертиза братской могилы. 3 и 4 августа того же года были вскрыты еще два захоронения, в которых были обнаружены останки детей в возрасте от 6 до 14 лет.
Велся также розыск виновных в этом преступлении. Часть из них, в том числе Курт Кристман, понесли наказание. Однако Бедедекер, Кандлер, Штраух и другие избежали суда.
Следственный комитет Российской Федерации после изучения архивного дела ФСБ принял решение возбудить уголовное дело о геноциде по факту убийства детдомовцев в 1942 году, основываясь на том, что уничтожение гражданского населения квалифицируется как преступление против человечности и не имеет срока давности.