4 июля 1942 года, по мере приближения к Сталинградской области линии фронта, Сталинградским обкомом ВКП(б) и Облисполкомом было принято решение об эвакуации детских домов из Кагановичского, Нижне-Чирского, Новоаннинского, Михайловского и Сиротинского районов, исполнение которого было возложено на специальный отдел. Последним были разработаны и утверждены маршруты эвакуации, предусмотрено выделение необходимых транспортных (подвод, машин, железнодорожных вагонов) и переправочных средств. По плану, детские дома должны были быть эвакуированы в Сталинград, и далее вниз по Волге до Петропавловки и Астрахани. 15 июля было принято аналогичное решение в отношении детских лечебно-профилактических учреждений, в том числе, Нижне-Чирского туберкулёзного детского санатория. Согласно этому постановлению, детский туберкулёзный санаторий расформировывался, а его дети, вместе с воспитанниками детского дома ОБЛСО, подлежали эвакуации. Помимо них, из станицы Нижне-Чирской и прилегающего района должны были быть эвакуированы партийные и хозяйственные архивы, МТС, крупный рогатый скот, семьи партхозактива, военнообязанные и т. д..

Эвакуация проходила в сложных условиях, характерных для приближающегося фронта. Бывали случаи эвакуации из горящих зданий, а также бомбёжек транспортов с детьми. К 27 июля, когда войска Вермахта вошли в Нижне-Чирскую, не всё мирное население смогло покинуть станицу. В детском доме ОБЛСО оставались 82 ребёнка в возрасте от 4 до 15 лет.

После занятия станицы захватчики приступили к экспроприации всех имевшихся в ней запасов продовольствия. Из кладовой детского дома были изъяты все продукты питания, а также уведён весь находящийся в подсобном хозяйстве мелкий скот (овцы и свиньи). Для еды остались только овощи с детдомовского огорода. С началом оккупации воспитанники детского дома стали понемногу разбегаться, и к 1 сентября в нём оставалось только 47 детей в возрасте от 4 до 12 лет[прим. 1], а из 32 человек обслуживающего персонала только одна кастелянша — Донскова Елена Афанасьевна.